En todo diseño web hay una serie de elementos facilmente distinguibles. menú, cuerpo, header, footer..
No hay una altura específica para el header, varia de un diseño web a otro. Pero conviene tener presente que un header excesivamente alto, obligará a a los usuarios a desplazar la barra lateral hacia abajo para lograr ver las variaciones de contenido correspondientes a cada página, lo que puede perjudicar la experiencia de navegación.